ปลาบึกถือเป็นปลาที่อยู่ในสกุล Pangasianodon (บางข้อมูลจัดให้เป็นเพียงชนิดเดียวที่อยู่ในสกุลนี้)[4] ลักษณะภายนอกที่สามารถแยกแยะปลาบึกออกจากปลาในสกุล Pangasius ซึ่งเป็นปลาในสกุลที่ใกล้เคียงที่สุด ได้แก่ลักษณะของฟันและหนวด ปลาบึกไม่มีฟันและเกือบจะไม่มีหนวด โดยที่ปลาวัยอ่อนมีฟันและกินปลาอื่นเป็นอาหาร แต่เมื่อโตขึ้นฟันจะหลุดไป และตาซึ่งจะอยู่ต่ำกว่ามุมปากเมื่อมองจากด้านหน้าตรง ๆ จะไม่เห็น ซึ่งแสดงให้เห็นถึงการใช้หากินตามพื้นน้ำ อีกทั้งปลาบึกมีซี่กรองเหงือกเล็กกว่า และ ปลายถุงลมจะลงถึงบริเวณช่วงท้องไม่เกินครีบก้น อีกทั้งความกว้างของปากและส่วนหัวของปลาบึกก็มีมากกว่า
ปลาบึก